（1）分子量定量
對于般常用的DNA膠片,利用分子量定量功能,通過對膠上DNA Marker條帶的已知分子量注釋,自動生成擬合曲線,并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結果較肉眼觀察估計要準確很多。
（2）密度定量
般常用的測定DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)濃度的方法是紫外吸收法,但它只能測定樣品中的總核苷酸濃度,而不能區(qū)分各個長度片段的濃度。
（3）凝膠成像密度掃描
在分子生物學和生物工程研究中,常用到的是對蛋白表達產(chǎn)物占整個菌體蛋白的百分含量的計算。傳統(tǒng)的方法是利用專用的密度掃描,但利用生物分析軟件結合現(xiàn)在實驗室常規(guī)配備的掃描儀或者直接用白光照射的凝膠成像就能完成此項工作。
（4）PCR定量
PCR定量主要是指，如果PCR實驗擴增出來的條帶不是條，那么可以利用軟件計算出各個條帶占總體條帶的相對百分數(shù)。

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